ОТВЕТ:
В части самого факта аннулирования свидетельства НДС.
Если предприятие подтверждало ведомости в ЕГР, а также есть документы, подтверждающие местонахождение (например, договор аренды), мы бы рекомендовали обжаловать решение налоговых органов, чтобы восстановить статус плательщика НДС.
Это на 100 % поможет решить проблему.
В противном случае операции за период работы «без НДС» не будут участвовать в формировании у Вашего контрагента налогового кредита. Если они этот НДС отобразили в составе налогового кредита – его могут снять.
Ваши контрагенты могут обратиться к Вам за возмещением ущерба от потери налогового кредита (теоретически есть такая возможность). Единственное – на данный момент не в полной мере выработана позиция налоговых органов о возможности Вами отнести указанное возмещение ущерба на валовые затраты и тем самым уменьшить базу налогообложения.
Если интересует конкретное решение данной ситуации – здесь необходима квалифицированная помощь.